Strona główna
opoka.org.pl
2021-05-11 14:52
mk / PAP

Powstała mapa genomu SARS-CoV2

Zespół z Massachusetts Institute of Technology (MIT) przedstawił pierwszą dokładną genetyczną mapę nowego koronawirusa. Pokazuje ona, gdzie mogą znajdować się istotne geny, i jak działają zachodzące w nim mutacje.

Autor/źródło: unsplash.com

Choć już po kilku miesiącach od początku pandemii udało się zsekwencjonować genom SARS-Cov2, kompletnych danych o genach kodujących wirusowe białka brakowało. Naukowcy z Massachusetts Institute of Technology, na łamach pisma „Nature Communications” opublikowali właśnie mapę z tymi informacjami. Badacze potwierdzili kilka kodujących białko genów i znaleźli kilka nowych. Wykazali też, że niektóre miejsca, które podejrzewano o zawartość genów, jednak ich nie zawierają.

Dokonali tego dzięki metodzie opartej m.in. na porównaniu genomu nowego koronawirusa z genomami innych, podobnych do niego wirusów, m.in. z genomem SARS-CoV. Pomogła w tym nowa technika komputerowej analizy opracowana przez jednego z autorów dokonania, prof. Manolisa Kellisa.

„Byliśmy w stanie wykorzystać uwzględniające ewolucyjne sygnatury, potężne, porównawcze podejście genomowe, aby odkryć rzeczywistą, kodującą geny zawartość w tym, tak istotnym genomie” – opowiada prof. Kellis.

Funkcja części genów nie jest jeszcze znana.

Zespół z MIT przeanalizował także ok. 2 tys. mutacji, które powstały w różnych wariantach wirusa, wyizolowanych odkąd zaczął on infekować ludzi. Wiedza ta pozwoliła na ocenę tego, jak ważne te mutacje mogą być dla zdolności zarazka do zakażania i wywoływania choroby.

„Potrzebne są eksperymentalne badania, aby sprawdzić funkcje niescharakteryzowanych jeszcze genów. Przez określenie, które geny są prawdziwe, pozwalamy naukowcom skupić ich uwagę właśnie na tych genach, zamiast tracić czas na coś, co nawet nie jest przepisywane na białko” – podkreśla kierujący pracami dr Irwin Jungreis.

Naukowcy zwracają uwagę, że wiele wcześniejszych badań nie tylko uwzględniało niewłaściwy zestaw genów, ale nawet nazwy genów się czasami nie zgadzały. Autorzy nowej mapy, w osobnym artykule zaproponowali więc ustandaryzowany system nazewnictwa dla genów SARS-CoV2.

Badanie wskazało jednocześnie na szybką ewolucję wirusa. Pokazało przy tym, że większość genów, które mutowały szybko – zanim rozpoczęła się pandemia – w jej trakcie nadal szybko się zmieniała, a geny ewoluujące wolno wcześniej – także w większości utrzymały swój trend.

Pojawiły się jednak wyjątki od tej reguły, rzucające światło na to, jak wirus dostosował się do ludzkiego gospodarza. Na przykład jedno z białek otaczających genom SARS-CoV2 miało dużo więcej zmian, niż badacze się spodziewali na podstawie historii ewolucyjnej wirusa. Na białko to reagują ludzkie limfocyty B, więc mutacja w kodującym je genie pomaga wirusowi unikać odpowiedzi immunologicznej.

„Spekulujemy, że warianty, które nie mutują w tym regionie, są rozpoznawane przez układ odpornościowy człowieka i eliminowane. Tymczasem warianty, które akumulują przypadkowe mutacje w tym miejscu, są lepiej przystosowane do uniknięcia ataku systemu immunologicznego i pozostają w obiegu” – wyjaśnia prof. Kellis.

Jego zespół przyjrzał się też mutacjom tzw. wariantu brytyjskiego, brazylijskiego oraz południowoafrykańskiego.

Wiele mutacji, które sprawiły, że wirus stał się groźniejszy, dotyczy białka spike, choć inne mutacje też są obecne. „Każdy z tych wariantów miał ponad 20 innych mutacji i ważne jest, aby wiedzieć, które z nich coś znaczą, a które nie. Użyliśmy więc naszej metody porównywania genomów, aby dokonać pierwszej selekcji sprawdzającej wagę mutacji na podstawie ich pozycji” – tłumaczy dr Jungreis.

Pozwoli to poznać lepiej wirusa w kontekście jego ewolucji i zrozumieć, jak do niej pasuje obecna pandemia.

„Dla wariantów, które mają wiele mutacji, możemy zobaczyć, które z nich są prawdopodobnie dostosowaniem do nowego gospodarza, a o których nie warto wspominać” – mówi prof. Kellis.

Aktualne informacje i zalecenia: www.gov.pl.

Logo PZU

Zamieszczone na stronach internetowych portalu https://opoka.org.pl/ i https://opoka.news materiały sygnowane skrótem „PAP” stanowią element Serwisów Informacyjnych PAP, będących bazami danych, których producentem i wydawcą jest Polska Agencja Prasowa S.A. z siedzibą w Warszawie. Chronione są one przepisami ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych oraz ustawy z dnia 27 lipca 2001 r. o ochronie baz danych. Powyższe materiały wykorzystywane są przez Fundację Opoka na podstawie stosownej umowy licencyjnej. Jakiekolwiek ich wykorzystywanie przez użytkowników portalu, poza przewidzianymi przez przepisy prawa wyjątkami, w szczególności dozwolonym użytkiem osobistym, jest zabronione. PAP S.A. zastrzega, iż dalsze rozpowszechnianie materiałów, o których mowa w art. 25 ust. 1 pkt. b) ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych, jest zabronione.

Więcej ważnych i ciekawych artykułów na stronie opoka.org.pl →


Podziel się tym materiałem z innymi:


 

Polecamy
2021-05-11 13:33:06
miniaturka

Niemcy: ograniczony oddźwięk akcji błogosławienia par tej samej płci

W około 80 miastach w Niemczech, a także w Zurychu, największym mieście Szwajcarii miały miejsce 10 maja akcje błogosławienia w kościołach katolickich par tej samej płci – donosi agencja CNA. Zaznaczono, że trudno jednak obliczyć dokładną liczbę udzielonych błogosławieństw.
2021-05-11 13:55:57
miniaturka

Zaczynam dzień z Ewangelią

Dobry nauczyciel dostosowuje przekaz wiedzy do etapu rozwoju uczniów. Nie inaczej jest w szkole Ewangelii. Trzyletni okres przebywania Jezusa z uczniami przedłużony jest o kolejne lata, w których zadanie nauczyciela kontynuuje Duch Święty.
2021-05-11 14:35:12
miniaturka

Etiopski patriarcha potępia ludobójstwo w regionie Tigraj. „Codziennie giną niewinni”

W wideo, nagranym przez dyrektora jednej z amerykańskich organizacji charytatywnych, patriarcha Etiopskiego Kościoła Ortodoksyjnego mówi, że działania reżimu z Addis Abeby charakteryzują się najwyższym okrucieństwem i mają na celu fizyczną i całkowitą eliminację ludu Tigraj.
2021-05-11 15:13:29
miniaturka

Władze Chin zablokowały dostęp do aplikacji biblijnych i chrześcijańskich kont w WeChat

Chiny zablokowały dostęp online do chrześcijańskich kont w WeChat oraz do aplikacji biblijnych. Open Doors zalicza ten kraj do tych, w których prześladowania chrześcijan są obecnie najmocniej odczuwalne.
2021-05-11 15:28:29
miniaturka

Abp Polak: Mam nadzieję na współpracę w naszej części Europy, by chronić małoletnich

Z inicjatywy Papieskiej Komisji ds. Ochrony Małoletnich kolejna konferencja kontynentalna dotyczy Europy Środkowo-Wschodniej, a na jej współorganizatora została wybrana Konferencja Episkopatu Polski.
2021-05-11 15:36:21
miniaturka

Google decyduje, co masz wiedzieć i jak masz myśleć

Monopolista nie ma konkurencji. Nie istnieje nikt, kto by go przyćmił. Uważa, że zasłużył sobie na tę wyjątkowość, nawet jeśli jego działania są kontrowersyjne i oskarżany jest o kradzież i cenzurę prasy. Najgorzej jednak, gdy uzurpuje sobie prawo do przekazywania jedynej poprawnej politycznie prawdy.