Jan Paweł II w Licheniu pojawił się w godzinach wieczornych 6 czerwca. Następnego dnia, wczesnym rankiem księża marianie, w asyście tysięcy wiernych, przenieśli Cudowny Obraz Matki Bożej Licheńskiej do ołtarza polowego ustawionego przed budującą się wówczas bazyliką. Około godz. 8.00 Ojciec Święty przybył do świątyni, przed którą odprawił nabożeństwo, pobłogosławił budującą się bazylikę oraz zebranych na placu pielgrzymów. Po uroczystości udał się do Bydgoszczy i Torunia, by wieczorem do Lichenia wrócić na nocleg.

Ostatniego dnia pobytu, tuż przed wyjazdem, Ojciec Święty modlił się przed Obrazem Matki Bożej Licheńskiej, który wieczorem poprzedniego dnia przeniesiono do kaplicy znajdującej się w apartamentach papieskich.

Po wykonaniu pamiątkowej fotografii z księżmi i braćmi marianami następca Świętego Piotra udał się do Ełku, pozostawiając po sobie niezapomniane chwile.

Beatyfikacja Jana Pawła II, która miała miejsce 1 maja 2011 r., znalazła również swój akcent w licheńskim Sanktuarium. Poświęcono wówczas kaplicę ku Jego czci znajdującą się w dolnej części bazyliki, gdzie rok później (1 maja 2012 r.), umieszczono relikwie Wielkiego Polaka.

27 kwietnia 2014 papież Jan Paweł II został włączony w poczet świętych Kościoła katolickiego.  Polskiego papieża kanonizował Ojciec Święty Franciszek.

W Sanktuarium Matki Bożej Licheńskiej pielgrzymi oprócz modlitwy w kaplicy św. Jana Pawła II, mogą również zwiedzać apartamenty papieskie, znajdujące się w starej części Sanktuarium, które udostępnione są od poniedziałku do soboty w godz. od 9.00 do 17.00 oraz w niedziele od 9.00 do 16.00.